一百年前，沙漠城市「荒漠市」因寶可夢們的對戰而蒙受極大損害，這場對戰的開端，則源自某隻寶可夢的存在。然而這隻寶可夢遭到某個人封印，如今荒漠市已恢復以往的寧靜。 小智與皮卡丘等人在旅行途中，遇見擁有「能從光環拿出所有物品」能力的幻之寶可夢—胡帕，以及照顧牠的少女「梅雅利」。愛搗蛋的胡帕，以從那個神奇光環中拿出牠最愛的甜甜圈，還有各種物品來嚇人為樂。喜歡搗蛋又天真無邪的胡帕，還稱呼小智和皮卡丘為「小知/サト」跟「皮卡/比卡」，徹底成為好朋友的胡帕和小智等人，決定一起去旅行。 抵達荒漠市時的小智一行人，遇到梅雅利的哥哥—巴爾札。但是，巴爾札的樣子似乎怪怪的，小智等人仔細一瞧，他手裡所那著是據稱封印了過去破壞荒漠市的寶可夢的「懲戒之壺」。壺裡散發出一般邪惡氣息，懲戒之壺的封印，在歷經漫長的歲月後好像被解開了！ 這時，有著相同氣息的傳說的寶可夢出現了！原始固拉多、原始蓋歐卡、帝牙盧卡、帕路奇亞、騎拉帝納，還有酋雷姆也都出現。這樣下去，荒漠市會有危險。 胡帕為了保護荒漠市，用光環讓全新的傳說的寶可夢「降臨」, 小智等人是否能和胡帕安排降臨的傳說的寶可夢們，共同守護荒漠市呢，而這股邪惡力量究竟為何？傳說對傳說，此刻，史上最壯烈的對戰即將開始！